An der Stelle, wo sich heute die Kapelle befindet, stand bereits eine um 1671 gebaute kleine Feldkapelle. Diese war, gemäss Robert Durrer, mit einem kleinen Glöcklein versehen.

Am 1. Mai 1789 beschlossen die Bergleute, die baufällig gewordene Kapelle abzubrechen und eine neue zu erstellen. Vikar Anton Maria Flühler las in der alten Kapelle die letzte heilige Messe und übertrug den Kreuzpartikel in die Pfarrkirche. Beim Neubau der Kapelle half die ganze Bevölkerung mit. Die Frauen schafften aus dem nahen Bach Sand herbei, während die Männer die nötigen Steine auf den Bauplatz brachten. Aus alten Überlieferungen ist sogar zu entnehmen, woher die Steine stammten: "Die meisten hole man ab dem Reketen-Egg, etliche vom vorderen Sonnwil und Burch und die beiden langen Steine zum Fundament ab dem Lehmatttrog." Selbst die Regierung vergab an den Bau "40 Stöhr Holz aus dem oberikeitlichen Brennwald".

Am 10. September 1791 konnte die neue Kapelle benediziert werden und anderntags brachte eine feierliche Prozession den hochverehrten Kreuzpartikel wieder in die Kapelle zurück.

Am 15. Oktober 1795, an dessen Vormittag, wurde der Altar der Heiligkreuz-Kapelle zu Ehren des hl. Kreuzes, des hl. Apostels Johannes, des hl. Bischofs Niklaus von Myra (Samichlais), des hl. Abtes Antonius und des hl. Bekenners Wendelin geweiht. Für den Kapellbesuch am Jahrestag der Einweihung wurde ein Ablass von vierzig Tagen gewährt. Dem Ortspfarrer soll es gestattet sein, den Jahrestag der Einweihung mit Oktav zu feiern. - Die Weihung war kostenlos. Denn die Auslagen für Verköstigung seiner Exzellenz und dessen Begleitung kamen schon auf fast 200 Gulden, hoch genug für die "teure Zeit".

Am 21. Mai 1935 wurde der Totentanz in die Heiligkreuz-Kapelle transportiert, nachdem er 1934 aus dem alten Beinhaus ausgebaut und von Kunstmaler Wilhelm Mernsinger-Beat in Beckenried restauriert, verdübelt und verleimt wurde. In den "Geschichtlichen Erinnerungen der Pfarrei und der St. Jakobs- und Theresienkirche Emmetten" von Pfarrer Franz-Xaver Gabriel aus dem Jahre 1938 sind Einzelheiten über die Restaurierung zu erfahren.

Am Sonntag, 7. Mai 2000 konnte die Heiligkreuzkapelle, nach längerer Renovation, durch Pfarradministrator Paul Schuler feierlich eingesegnet werden.